Создал ФМ с типом дистанционного запуска. В нем цикл на 60 итераций с паузой между каждой в 1 секунду. Во время каждой итерации определяется статус сообщения. Если он определен - то оно уже попало в базу и можно создавать заказ. Этот ФМ запускается из BAdI, в структуре импорта VIQMEL номер сообщения уже есть. Запускается он в режиме in background task. Также нужно поставить галочку на одной из вкладок заказа, но с помощью указанной выше BAPI это сделать нельзя, пришлось сразу после создания заказа с помощью IW32 + BDC "колхозить". Запуск ФМ-а производится только один раз при создании сообщения - это определяется одним из параметров импорта в бади (сейчас точно не помню, вроде бы T351).
Таким образом создается заказ со ссылкой на сообщение, и наоборот тоже ссылка есть (создавать CREATEONNOTIF методом бади). Причем видно, что в бади отладчик проваливается два раза - второй раз когда обновляется связь, но в этот второй раз ФМ для создания заказа не запускается, т.к. сообщение в режиме изменения, а не создания.