В принципе если в заказе ТОРО серийный номер не получает никаких статусов присвоения, то это не проблема, в заказе ТОРО есть куча екзитов, поэтому на экзите сохранения пишете в какое-либо из полей признак или номер заказа ТОРО и далее проверяете для внесенных серийных а не присвоен ли он уже какому-то другому заказу.
PS: Но я бы до этого все таки полистал бы документацию по ТОРО, мне что-то кажется что там что-то такое уже должно быть реализовано как минимум через статусы объекта ЕО.